Salut Dine,
pour répondre à tes questions :
1. Oui, il faut faire référence aux documents dans la note. exemple : "Comme l'indique Trucbidule dans son article "Machinchouette" paru dans le Périodique, le temps est un concept multiple .... (doc. 1)."
2. le principe du dossier est que le dossier que tu élabores toi-mêmes remplace la laiasse de documents qu'on te fournit au départ. A la fin de l'épreuve, tu rends donc uniquement ton plan de classement, ta note de synthèse et tes résumés.
Personnellement, mais ce n'est qu'un point de vue, je te déconseille d'annoter tes documents. Il vaut mieux prendre des notes sur une feuille à part, comme ça lorsque tu fais ton plan de classement, tu n'es plus olbigée de manipuler le dossier d'origine. En fait, il faut que tu prennes des notes suffisamment complètes (mais pas un roman non plus, loin de là) pour qu'à la fin de la lecture du dossier, tu refermes le dossier une fois pour toutes et que tu ne travailles plus qu'à partir de tes notes.
3. Trombones, je sais pas, mais de toute façon je ne vois pas à quoi ça pourrait te servir ! Stabilo, pas de problème. En gros tu as droit à tes stylos, point barre.
Pour la note de synthèse, tu peux conulter Le capes de documentation chez Vuibert, la partie méthodologique est bien faite, et tu as trois exemples de note de synthèse.
Bon courage !